死海文书的解读，让人类知道了经过第二次大灾难后，使徒会一个接着一个相继出现到地球上。正因如此，联合国政府才会花费大量财力物力，将‘第三新东京市’打造成为一个巨大的堡垒，安装了机械底座的大楼能够自由升降，就算是路面也有NERV指挥中心当中的‘人工智能’电脑控制。
十五年的准备，在NERV地下的最深处，巨大的十字架上封印着胸口插着‘朗基努斯之矛’的‘莉莉丝’，这个据说能够吞噬世界所有生物，让所有生物从新化为虚无而回归大自然的使徒，就像一个巨大的吸铁石，将降临地球的其他使徒，吸引到‘第三新东京市’这个战场。
十五年的时间，为了‘人类补全’计划，NERV当中的所有人可谓倾尽全力。为了全人类的生存，不知道有多少人牺牲在了各自的岗位上。
最终，人类的终极武器，EVA终于不负众望战胜了使徒，让人们看到了希望，看到了人类打败使徒这样强大的生物，战胜命运的希望。
NERV研究所当中所有的科研人员现在干劲十足，在水天使的自爆当中，初号EVA机体大面积受损，虽然碇唯在水天使自爆的一瞬间开启了‘AT’力场，可是没有使徒那蓝色的灵魂支持，初号EVA也仅仅能够保持下了机体的躯干、头部跟操作仓内的碇真嗣这些重要器官，双手、双脚跟身体上覆盖的那些超合金装甲已经被融化掉了。
不过‘莉莉丝’不愧为号称能够吞噬一切的使徒，身体恐怖的繁殖能力十分惊人。就算初号EVA这个‘莉莉丝’的复制体也拥有了这样的能力。四肢逐渐的重新长了出来，NERV内的所有人便开始重新给初号EVA换上新的超合金装甲。上百米高的初号EVA全身覆盖着将近一百吨重的超合金装甲，可别小看这些金属，这些超合金装甲可是通过铝、镁、钾、钠、钙、锶、钡、铜、铅、锌、锡、钴、镍、锑、汞、镉、铋、金、银等数十种金属熔炼而成，一克这种超合金的价格，跟同等重量的黄金价格等同。着无疑耗费了大量的财力物力。可是在面对人类生死存亡的时候，财力、物力还算得了什么呢？
好像做了一个很长很长的梦一样，黑暗的梦境当中，自己像是迷了路一样的奔跑，那远处的亮光似乎怎么也抓不住，躺在病床上的碇真嗣眼皮动了动，黑暗中寻找出口的碇真嗣似乎看到了光亮的出口，睁开眼睛看到的是陌生的天花板，鼻子中嗅到一股消毒水的味道。‘咚咚咚..’有力的心跳，证明自己还活着。“医院么？呼…活下来了！”碇真嗣无力的说道。
抬起手臂看了看笔直的胳膊，试着活动了一下。“没有断？”碇真嗣疑惑的想到，在跟水天使战斗的时候，那股手臂被掰断的痛楚可是清清楚楚的出现在大脑中，明明感觉到，为什么手臂会没事呢？而且在最后时刻，自己冥冥之中似乎听到了妈妈的声音，虽然声音变得十分沙哑，可是妈妈的声音是绝对错不了的。
许许多多弄不明白的东西，让碇真嗣很迷惑，稀里糊涂的被父亲接到‘第三新东京市’，进入到NERV当中驾驶着初号EVA跟使徒进行战斗，发生的这一切就像是在做梦一般，心里没有成为拯救人类英雄的喜悦，之中只有那能够活下来的庆幸。
‘港湾酒吧’再次回复了往日的热闹，当夜幕笼罩在‘第三新东京市’的上空时，色彩绚丽的霓虹灯装点着这座融合了高科技都市的每一个角落，使徒跟初号EVA这两个庞然大物战斗而造成的废墟，已经在各种工程机械的挖掘下，水天使自爆的方圆十里范围内出现了一个真空地带，十里以外的大楼、房屋，都在爆炸的冲击波当中严重受损。修复工作正在继续，可是能够活下来的希望还是让人们忘掉工作的辛劳。
酒吧当中，李舍依旧一身白色的衬衣挽起袖子，配上黑色的小马甲，带着黑色领结，扮演着英俊迷人的调酒师兼酒吧老板这个角色。脸上总是挂着淡淡的笑容平易近人，吧台边围着的那些十八九岁的少女们则兴奋的谈论着政府出动紫色钢铁巨人战胜那个外星怪物的事情，说得好像亲眼所见一般。高谈阔论的人们甚至猜测起来，驾驶着紫色钢铁巨人战斗的人，是男是女。
初号EVA的修复工作，可是令美穗一个星期都不着家了，当初号EVA胸口的超合金从新被焊接上去后，美穗长长的出了口气“哇唔…终于弄完了！呵呵，剩下的机体调试就是要配合适格者才能进行咯！哈哈哈..老娘今晚终于可以回家了。”美穗伸了个懒腰，大声喊道。
“是呀，要是你再不回家，说不定你家里的那个帅哥就要被别人拐跑咯！光头美穗！”葛城美里的声音从美穗背后传来。
美穗转过头来看着脸上挂着坏坏笑容的葛城美里，白了一眼，恶狠狠的说道：“如果有人敢把他拐走的话，你的嫌疑最大！我们忙得要死，你跑哪里去了？”
站在美穗身边的赤木律子也应道“对呀。这段时间我们忙得都顾不上吃饭，你倒好，跑哪里去了？”
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